W skład Grupy Kapitałowej PERN wchodzi pięć spółek:

Naftoserwis Sp. z o.o. – 100% udziałów PERN.

Jest największą firmą w Polsce świadczącą specjalistyczne usługi technicznego utrzymania baz paliwowych (w tym usługi serwisowe i remontowe na bazach, czyszczenie zbiorników) oraz usługi diagnostyki rurociągów.

„Siarkopol” Gdańsk S.A. – 100% akcji PERN.

Realizuje obsługę eksportu drogą morską polskiej siarki kopalnej na rynki światowe. Poza obsługą siarki granulowanej spółka świadczy usługi przeładunkowo-magazynowe produktów płynnych: petrochemicznych, chemicznych oraz pochodzenia roślinnego.

MPR Sarmatia Sp. z o.o. – 28,79% udziałów PERN.

Jest spółką celową, założoną w 2004 roku przez dwóch udziałowców: PERN S.A. oraz ukraińską S.A. „Ukrtransnafta” w celu przygotowania projektu Euro-Azjatyckiego Korytarza Transportu Ropy Naftowej. Obecnie udziałowcami (oprócz założycieli) są także: Państwowa Spółka Naftowa Republiki Azerbejdżanu (SOCAR), Gruzińska Korporacja Naftowo-Gazowa (GOGC) Spółka Akcyjna oraz litewska AB „Klaipedos Nafta”.

Naftoport Sp. z o.o. – 66,67% udziałów PERN.

Wykonuje przeładunki ropy naftowej i produktów naftowych w Porcie Gdańsk. Spółka stanowi istotny element logistyki dostaw ropy dla polskich i niemieckich rafinerii oraz jej tranzytu, a także lądowo-morskiego przeładunku produktów naftowych. Jest jedynym w Polsce morskim terminalem przeładunku ropy naftowej i największym krajowym terminalem przeładunku produktów jej rafinacji, a także jednym z największych naftowych terminali przeładunkowych na Bałtyku.

Naftor Sp. z o.o. – 100% udziałów PERN.

Jest spółką operującą w obszarze bezpieczeństwa, przygotowaną do realizacji przedsięwzięć z zakresu bezpieczeństwa fizycznego i zabezpieczenia technicznego obiektów o szczególnym znaczeniu dla interesu ekonomicznego państwa.